許多企業會為員工安排健康檢查或補助醫療費用，若是直接支付費用給醫療機構，就須留意是否有扣繳之義務！
依是否扣繳申報，可分為三類情境處理：
情境一：企業給付予公立醫院之醫療費用，屬各級政府機關之各種所得，免予扣繳稅款亦免填報扣（免）繳憑單。
情境二：企業給付予財團/社團法人醫院之醫療費用，屬所得稅法第11條第4項規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，可免予扣繳所得稅，但應依所得稅法第89條第3項規定，列單申報主管稽徵機關，所得類別為其他所得。
情境三：企業給付一般醫療院所之醫療費用，屬所得稅法第11條第1項所稱之執行業務者，應依所得稅法第88條第1項第2款規定，於給付時依10%扣繳率扣繳稅款，並列單申報主管稽徵機關，所得類別為執行業務所得。
舉例說明：高興公司113年度安排在職員工至亞東醫院進行一般健檢，高興公司支付27,480元健檢費用給亞東醫院，並取得有公司統編之收據，因亞東醫院屬財團法人醫療院所，可免予扣繳，只須於114年1月底前列單申報，所得類別為其他所得。
此外，員工自行前往就醫或健檢，再檢附醫療院所開立收據核銷者，免對醫療院所辦理扣繳申報。但視為對員工之補助費，應列報薪資所得，符合《職業安全衛生法》規定之健檢費用除外，相關規定可參考「 員工健康檢查，需申報員工薪資所得？ 」。